İkinci sezon Fas'ın Tanca kentinde Sevilla'ya karşı kazanılan Süper Kupa'yla açıldı. 15 Şubat 2019'da kulüp, Valverde'nin sözleşmesini 2019-20 sezonu sonuna kadar uzattı ve 2020-21 için opsiyon ekledi. O gün yayımlanan resmî verilere göre Valverde 96 maçta 65 galibiyet, 22 beraberlik ve 9 yenilgi almıştı. Takım bu süreçte 233 gol atıp 78 gol yemiş, 45 maçta kalesini gole kapatmıştı. Ligde 37 maç üst üste gol atma serisini ancak Athletic bitirebilmişti. Valverde döneminin golcüler listesinde Lionel Messi 74 golle zirvedeydi; onu Suárez (47), Coutinho (18) ve Ousmane Dembélé (17) izliyordu.
Barça ligi Camp Nou'da Levante'yi yenerek üst üste ikinci kez kazandı. Ardından sezonun en ağır haftaları geldi. Şampiyonlar Ligi yarı finalinde Liverpool'a karşı ilk maçta kurulan 3-0'lık üstünlük, 7 Mayıs 2019'da Anfield'da alınan 4-0'lık yenilgiyle eridi. 25 Mayıs'taki Kral Kupası finali de Valencia'ya kaybedildi. Valverde Anfield gecesinden sonra BBC'ye “Bunun beni nasıl etkileyeceğini bilmiyorum. Teknik direktör sorumluluk almak zorunda” dedi. O gecenin ayrıntıları Liverpool 4-0 Barcelona sayfasında.