Ballon d'Or sezonunun devamı arka adale sakatlıklarıyla bölündü. Transfermarkt'ın sakatlık kaydına göre Eylül 2025 sonunda yaşadığı arka adale sakatlığı, onu 1 Ekim'deki Paris Saint-Germain maçı dahil kasım ayının sonlarına kadar oyundan uzak tuttu. Ocak 2026'da Cidde'de oynanan İspanya Süper Kupası finalinde ise yeniden belirleyici oldu: AP'nin ESPN'de yayımlanan maç raporuna göre Barça, Real Madrid'i 3-2 yendi; Raphinha 36. ve 73. dakikalarda iki gol attı, 73. dakikadaki galibiyet golü Raúl Asencio'ya çarparak ağlara gitti.
Mart 2026'da ikinci darbe geldi. Kulübün 27 Mart 2026 tarihli sağlık bülteni, Raphinha'nın Boston'da Fransa'ya 2-1 kaybedilen hazırlık maçında sağ arka adalesinden sakatlandığını, devre arasında oyundan çıktığını ve yaklaşık beş hafta sahalardan uzak kalacağını duyurdu. Aynı bültene göre o tarihte 31 maçta 19 golle takımın en golcü ikinci oyuncusuydu. Transfermarkt maç kaydına göre bu sakatlık yüzünden Atlético Madrid'le oynanan Şampiyonlar Ligi çeyrek finalinin iki maçını da kaçırdı ve Barça iki maçı da kaybederek elendi. Raphinha sezonu aynı kayda göre 33 maç, 21 gol ve 8 asistle kapattı. Takım ise kulübün 10 Mayıs 2026 tarihli açıklamasına göre tarihindeki 29. lig şampiyonluğunu üst üste ikinci kez kazandı.