2026-27'de Flick, Raphinha'yı sol kanattan alıp merkez forvete yerleştirdi. ESPN'in 9 Eylül 2026 tarihli haberine göre Raphinha, Feyenoord'un 5-1 yenildiği maçta iki gol attı ve en az 2000'den bu yana sezonun ilk beş maçının hepsinde gol atan ilk Barça oyuncusu oldu; o gün itibarıyla gol sayısı sekizdi. Aynı haber, 2026 Dünya Kupası'nın onun için arka adale zorlanmasıyla erken bittiğini ve Eylül 2026'da açıklanan 30 kişilik Ballon d'Or aday listesine giremediğini de not ediyor. Kulüp, Raphinha'nın Ağustos ve Eylül 2026'da üst üste LaLiga'da ayın oyuncusu seçildiğini açıkladı.
Ekim'deki milli arada sorun yeniden ortaya çıktı. ESPN'in 16 Ekim 2026 tarihli haberi, 29 yaşındaki oyuncunun Brezilya kampında arka adalesinden sakatlandığını, bu yüzden Getafe ve Galatasaray maçlarını kaçırdığını yazdı; Mundo Deportivo ise 18 Ekim'de, Avustralya maçında devre arasında oyundan alınmasını önlem amaçlı bir dinlendirme olarak tanımladı. İki kaynak durumun ağırlığını farklı aktarıyor. ESPN'e göre o güne kadar santrfor olarak oynadığı 8 maçta 14 gol atmıştı ve Barça bu dönemde 10 maçın 10'unu da kazanmıştı. Flick, dönüşü adım adım yöneteceklerini söyledi.
Dönüş 17 Ekim'de Betis karşısında 20 dakikayla geldi. Üç gün sonra Parc des Princes'te oynanan maçta Raphinha ilk 11'de forvet olarak başladı ve kulübün maç raporuna göre Matvey Safonov'u önemli bir kurtarışa zorladı; ancak Barça, Paris Saint-Germain'e 4-2 yenilerek sezonun ilk mağlubiyetini aldı. Kulüp, Ekim 2026'daki açıklamasında onu “blaugrana 11 numara” olarak anıyor. Mayıs 2025'te imzalanan sözleşme 30 Haziran 2028'e kadar geçerli; Transfermarkt'ın güncel profili de bu tarihi gösteriyor. El Nacional'in 11 Eylül 2026 tarihli haberine göre kulüp, sezona yaptığı başlangıcı ödüllendirmek için Raphinha ile görüşmeler yürütüyor; bu bilgi kulüp tarafından doğrulanmadı.