Avrupa Kupası yarı finalinde rakip, ezeli rakip Real Madrid'di. Herrera, Kubala'yı iki maçta da oynatmadı. Barça Madrid'de 3-1 kaybetti; Gonzalo Suárez'e göre o maçta Barça'nın iki golü iptal edildi. 27 Nisan 1960'taki rövanşta Camp Nou'da da 3-1 yenildi; toplam skor 6-2'ydi. AS, Camp Nou seyircisinin Madrid'i alkışladığını yazar.
Ertesi gün Herrera, Canaletas'ta toplanan taraftarlarla karşılaştı. Relaño'nun aktardığına göre Kubala'yı neden oynatmadığı sorulduğunda “Porque le falta movilidad” (çünkü hareketliliği eksik) dedi ve ekledi: “¿Hace cuánto que ustedes no han visto a Kubala hacer las cosas que hizo Puskas ayer?” (Kubala'nın, Puskás'ın dün yaptıklarını yaptığını en son ne zaman gördünüz?). Marca'nın manşeti ise “Toda Europa vio el Waterloo de Napoleón Herrera” oldu.
Relaño'ya göre kulüp, Herrera'nın görevine son verildiğini bu olaydan iki gün sonra, cumartesi günü açıkladı. Ayrılığın ardındaki ilişki ağı da önemliydi. The Guardian'ın Kubala ölüm ilanına göre ikili, maç öncesi ritüeller ve 1959-60'taki ikili prim tartışması yüzünden çoktan karşı karşıya gelmişti. Kulübe göre teknik sekreter Josep Samitier da 1959'da Herrera'yla anlaşmazlık nedeniyle Real Madrid'e gitmişti.
Herrera'nın Inter'le ne zaman anlaştığı konusunda kaynaklar uyuşmuyor. Relaño, Angelo Moratti'nin imzaladığı sözleşmenin Herrera'nın imzasını bekleyerek çekmecede durduğunu yazar; AS onun zaten Inter'le anlaşmış olduğunu söyler; Cuadernos de Fútbol ise kovulmasından aylar önce bir ön sözleşme imzaladığını belirtir. Herrera'nın üvey oğlu olan Gonzalo Suárez'in El País yazısı da sözleşmenin aylar önce imzalandığı görüşündedir. Herrera'nın sokakta saldırıya uğradığı anlatısına da dikkat: Cuadernos de Fútbol, Herrera'nın anılarında böyle bir saldırıyı yalanladığını aktarır.